Είναι ο πρώτος κυβερνήτης του νεοελληνικού κράτους (1828-31). Γεννήθηκε στην Κέρκυρα στις 11 Φεβρουαρίου 1776 την περίοδο της Ενετοκρατίας και ήταν γιος του Κόμη Αντωνίου-Μάριου Καποδίστρια. Η οικογένειά του, που καταγόταν από τη δαλματική πόλη Κάπο ντ’ Ίστρια (το σημερινό Κόπερ της Σλοβενίας) και τα μέλη της είχαν πάρει τον τίτλο του Κόμη (τον οποίο αναγνώρισαν αργότερα κι οι Ενετοί κυρίαρχοι της Επτανήσου) από τον Δούκα της Σαβοΐας Κάρολο Εμμανουήλ τον Β', μετοίκησε οριστικά στην Κέρκυρα περίπου στα τέλη του 15ου αιώνα. Ο τίτλος μπήκε στη «Χρυσή Βίβλο» (Libro d' Oro) των ευγενών της Κέρκυρας το 1679. Η οικογένεια της μητέρας του Διαμαντίνας (Αδαμαντίας) Γονέμη, ήταν κι αυτή εγγεγραμμένη στη «Χρυσή Βίβλο» από το 1606.Ο Καποδίστριας έκανε τις πρώτες του σπουδές στην Κέρκυρα και αργότερα μετέβη στο Πανεπιστήμιο της Παταβίας (Πάντοβα) της Ιταλίας, όπου σπούδασε ιατρική, φιλοσοφία και νομικά. Μετά την αποφοίτησή του, το 1797, εγκαταστάθηκε στη γενέτειρά του Κέρκυρα κι άσκησε το επάγγελμα του ιατρού – χειρούργου για μικρό διάστημα. Από τα τέλη όμως του 1798 αφοσιώθηκε ολοκληρωτικά στην πολιτική.
Ο Καποδίστριας εμφανίστηκε στην πολιτική σκηνή σε μια στιγμή που τα Επτάνησα γνώριζαν μια νέα περίοδο της ιστορίας τους: Το 1797, τα στρατεύματα της επαναστατικής Γαλλίας κατέλαβαν τα Επτάνησα, καταργώντας την ενετοκρατία και το τοπικό καθεστώς των ευπατρίδων. Το 1798, όμως, ο ρωσοτουρκικός στόλος με επικεφαλής τον ναύαρχο Ουσακόφ κατέπλευσε στα Επτάνησα και υποχρέωσε τους Γάλλους να αποχωρήσουν. Οι ευπατρίδες αποκαταστάθηκαν και, με τη ρωσοτουρκική συνθήκη που επακολούθησε (Μάρτιος 1800), παραχωρήθηκε στα νησιά καθεστώς αυτοδιοίκησης: ανακυρύχθηκαν σε πολιτεία υποτελή στον Τούρκο Σουλτάνο, που όφειλε να πληρώνει φόρο υποτελείας στην Υψηλή Πύλη (75.000 γρόσια κάθε τριετία) και να κυβερνάται από την αριστοκρατία του τόπου.
Η κατάσταση σηματοδότησε την πρώτη είσοδο του Καποδίστρια στην πολιτική σκηνή. Αρχικά, του ανατέθηκε η διοίκηση του στρατιωτικού νοσοκομείου. Το 1801, ο Καποδίστριας ως έκτακτος επίτροπος της Ιονίου Πολιτείας, σε ηλικία 25 ετών, εργάστηκε για την εφαρμογή του νέου πολιτεύματος, ενώ αργότερα έγινε υπουργός. Την περίοδο εκείνη ανέπτυξε στενούς δεσμούς με τη ρωσική Αυλή. Χάρη στη πολιτική του οξυδέρκεια και πειθώ απέτρεψε την εξέγερση της Κεφαλονιάς, που θα είχε απρόβλεπτες συνέπειες στη συνοχή της νεότευκτης πολιτείας. Έδειξε ευαισθησία και προσοχή στις ανησυχίες των Επτανησίων και πήρε πρωτοβουλίες για τη αναθεώρηση επί το δημοκρατικότερο του επτανησιακού συντάγματος, που είχαν επιβάλει Ρώσοι και Τούρκοι με τον τίτλο «Βυζαντινό Σύνταγμα».
Αποτέλεσμα των προσπαθειών του Καποδίστρια ήταν η ψήφιση ενός πιο φιλελεύθερου και δημοκρατικού συντάγματος το 1803. Οι μεγάλες δυνάμεις θορυβήθηκαν κι έστειλαν τον Γεώργιο Μοτσενίγο, για να τον επιπλήξει. Όταν, όμως, ο εκπρόσωπός τους συναντήθηκε μαζί του, εντυπωσιάστηκε από την πολιτική και ηθική συγκρότησή του. Τέλος, ο Καποδίστριας διορίστηκε ομόφωνα από τη Γερουσία της Ιονίου Πολιτείας, Γραμματέας της Επικρατείας για τις υποθέσεις εξωτερικών, ναυτικών και εμπορίου. Στη διάρκεια της θητείας του αναδιοργάνωσε τη δημόσια διοίκηση, δίνοντας ιδιαίτερη έμφαση στην εκπαίδευση.
Τον Μάρτιο του 1807 στάλθηκε στη Λευκάδα, την οποία απειλούσε με κατάληψη ο Αλή Πασάς. Αναδιοργάνωσε την άμυνα του νησιού, αποτρέποντας την απειλή. Εκεί γνωρίστηκε με τους οπλαρχηγούς Κολοκοτρώνη, Νικηταρά, Ανδρούτσο και Μπότσαρη, που αργότερα θα πρωτοστατήσουν στην Επανάσταση του '21.
Όμως, η ύπαρξη της Ιονίου Πολιτείας και η πολιτική σταδιοδρομία του Καποδίστρια στα Επτάνησα δεν διήρκεσαν πολύ. Ο πληθυσμός ήταν έντονα δυσαρεστημένος από το νέο απολυταρχικό καθεστώς, τα νησιά ανακατελήφθηκαν (1807) από τον Ναπολέοντα και τελικά προσαρτήθηκαν στη Μεγάλη Βρετανία (1809). Τότε ο Καποδίστριας αναχώρησε για τη Ρωσία.
Τον Ιανουάριο 1809 ο Καποδίστριας πήγε στην Αγία Πετρούπολη και τέθηκε στην υπηρεσία του Υπουργείου Εξωτερικών της Ρωσίας, μετά από πρόσκληση του Τσάρου Αλέξανδρου Α'. Από τότε και μέχρι το 1822, σε μια περίοδο από τις πιο σπουδαίες και πιο κρίσιμες της ευρωπαϊκής ιστορίας, ο Καποδίστριας συμμετείχε ενεργά στη διαμόρφωση και στην άσκηση της ρωσικής εξωτερικής πολιτικής. Το 1813, διορίστηκε εκπρόσωπος της Ρωσίας στην Ελβετία, στην πρώτη του μεγάλη αποστολή, για να συνεισφέρει στην απαλλαγή της από την επιρροή του Ναπολέοντα. Έπαιξε σημαντικό ρόλο στην ενότητα, ανεξαρτησία και την ουδετερότητα της Ελβετίας και συνεισέφερε πάρα πολύ στο ελβετικό σύνταγμα, που προέβλεπε 19 αυτόνομα κρατίδια (καντόνια) ως συστατικά μέλη της ελβετικής ομοσπονδίας.Συμμετείχε στο Συνέδριο της Βιέννης, που έθεσε της βάσεις της «Ιεράς Συμμαχίας», ως μέλος της ρωσικής αντιπροσωπίας, αποτελώντας το φιλελεύθερο αντίβαρο στην αντιδραστική πολιτική του αυστριακού πρίγκιπα Μέτερνιχ. Πέτυχε την εξουδετέρωση της αυστριακής επιρροής, την ακεραιότητα της Γαλλίας υπό Βουρβόνο μονάρχη, μετά την πτώση του Ναπολέοντα, καθώς και τη διεθνή ουδετερότητα της Ελβετίας, υπό την εγγύηση των Μεγάλων Δυνάμεων.
Χάρη στις ικανότητές του, αναδείχθηκε σε έξοχο διπλωμάτη, ανήλθε έως τα ανώτατα αξιώματα του ρωσικού διπλωματικού σώματος και μετά τις μεγάλες του διπλωματικές επιτυχίες, ο Τσάρος τον έχρισε Υπουργό Εξωτερικών της Ρωσικής Αυτοκρατορίας από το 1816 έως το 1822. Την εποχή αυτή συνδέθηκε στενά με τον Αλέξανδρο Α' και το λεγόμενο «μυστικό συμβούλιο» της ρωσικής Αυλής, που το αποτελούσαν αριστοκράτες επηρεασμένοι από τις αντιλήψεις του γαλλικού Διαφωτισμού, που ζητούσαν σύνταγμα για την απολυταρχική Ρωσία. Ο Καποδίστριας έγινε οπαδός της «πεφωτισμένης δεσποτείας», δηλαδή του εκσυγχρονισμού της κοινωνίας και των μεταρρυθμίσεων, χωρίς όμως την επαναστατική περεμβολή του λαού. Οι πεποιθήσεις του αυτές υπήρξαν και η αιτία των περιπετειών του και των παρεξηγήσεων σχετικά με το ρόλο του. Ο Μέτερνιχ της Αυστρίας, άσπονδος εχθρός κάθε ελευθερίας, τον συκοφαντούσε διαρκώς και τον παρουσίαζε ως επικίνδυνο ανατροπέα, ενώ από την άλλη οι Φιλικοί τον κατηγορούσαν για τον συντηρητισμό του.
Ο Καποδίστριας, όμως, δεν ξέχασε τη γενέτειρά του και τα Επτάνησα, που είχαν περάσει κάτω από τον ασφυκτικό έλεγχο της Μεγάλης Βρετανίας. Το 1819 πήγε στο Λονδίνο και προσπάθησε μάταια να πείσει τη βρετανική κυβέρνηση να μετριάσει το αυταρχικό καθεστώς που είχε επιβάλει στα Ιόνια Νησιά.
Το 1817 η Φιλική Εταιρεία ανέθεσε στον Νικόλαο Γαλάτη να συναντήσει τον Καποδίστρια και να του προτείνει να αναλάβει την αρχηγία της επανάστασης στην Ελλάδα. Όπως αναφέρει ο Καποδίστριας στην αυτοβιογραφία του (γραμμένη από το 1826), απάντησε στον απεσταλμένο της Φιλικής Εταιρείας με τα εξής λόγια: «Δια να σκέπτεται κανείς, κύριε, περί τοιούτου σχεδίου πρέπει να είναι παράφρων, δια να τολμήσει δε να μοι ομιλήσει περί αυτού εν τω οίκω τούτω, όπου έχω την τιμή να υπηρετώ μέγαν και κραταιόν μονάρχην, πρέπει να είναι όπως είσθε εσείς, νέος μόλις εγκαταλείψας τους βράχους της Ιθάκης, και παρασυρόμενος δεν ηξεύρω υπό ποίων τυφλών παθών» και συμβούλευε τους Φιλικούς ότι «εάν δεν θέλουν να καταστραφούν και να συμπαρασύρουν μεθ’ εαυτών εις τον όλεθρον το αθώον και δυστυχές έθνος των, πρέπει να εγκαταλείψουν τα επαναστατικάς ενεργείας των και να ζήσουν ως πρότερον υφ’ ας κυβερνήσεις ευρίσκοντο, μέχρις ου η θεία Πρόνοια αποφασίσει άλλως».Στην πραγματικότητα, όμως, ο Καποδίστριας δεν ήταν υπέρ της οθωμανικής κυριαρχίας στην Ελλάδα. Η άρνησή του να τεθεί επικεφαλής της Φιλικής Εταιρείας οφειλόταν στην έμφυτη αντιπάθειά του για τις επαναστατικές μεθόδους πάλης, όπως και στην πεποίθησή του ότι η εποχή δεν ήταν κατάλληλη για την έκρηξη της εθνικής επανάστασης. Επιπλέον, πίστευε ότι μια επανάσταση που θα στηριζόταν σε ξένες δυνάμεις δε θα έφερνε κανένα ουσιαστικό αποτέλεσμα. Στην αυτοβιογραφία του αναφέρει: «...ως Έλλην μεν οφείλω μόνον εκείνην την ελευθερίαν να επιθυμώ, ην οι Έλληνες ήθελον αποκτήσει δια των ιδίων των δυνάμεων και δια της προηγούμενης προόδου των εις τον αληθή πολιτισμόν. Αλλά από το σημείο τούτο η κοινή ημών πατρίς ευρίσκεται ακόμα μακράν». Γι’ αυτό και θεωρούσε ότι, αν το σχέδιο της Φιλικής Εταιρείας ετίθετο σε εφαρμογή, δεν θα είχε άλλο αποτέλεσμα παρά να αντικαταστήσει «το τουρκικόν σαρίκι με πίλον ευρωπαϊκόν».
Με την έναρξη της Ελληνικής Επανάστασης του 1821, ο Καποδίστριας προσπάθησε να προδιαθέσει ευνοϊκά τον Τσάρο Αλέξανδρο Α' υπέρ των ξεσηκωμένων Ελλήνων και να τον πείσει να επέμβει στρατιωτικά εναντίον της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, χρησιμοποιώντας δύο επιχειρήματα: πρώτον, η στρατιωτική επέμβαση της Ρωσίας υπέρ των Ελλήνων θα ενίσχυε σημαντικά την επιρροή της στα Βαλκάνια και θα έθετε επίτάπητος το πρόβλημα των Στενών και δεύτερον, η υποστήριξη της Ρωσίας προς τους χριστιανούς Έλληνες δεν θα εναντιωνόταν στις αρχές της Ιεράς Συμμαχίας, γιατί θα είχε τη μορφή της συμπαράστασης προς έναν ομόδοξο λαό, που αγωνιζόταν εναντίον ενός αλλόδοξου μονάρχη. Όμως, την ίδια περίοδο η Ρωσία διέθετε και δεύτερο υπουργό Εξωτερικών, τον Νέσελροντ, τα αισθήμα και οι διαθέσεις του οποίου διέφεραν από αυτά του Καποδίστρια. Πρώην διπλωμάτης καρίερας, συντηρητικός και πιστός στο πνεύμα της Ιεράς Συμμαχίας, ο Νέσελροντ τάχθηκε κατά της Ελληνικής Επανάστασης, την οποία θεωρούσε - όπως και ο Μέτερνιχ - τμήμα της «διεθνούς συνωμοσίας» εναντίον των μοναρχιών. Παρά τις προσπάθειες του Καποδίστρια, ο Τσάρος συμμερίστηκε τις απόψεις του Νέσελροντ. Στο συνέδριο των εταίρων της Ιεράς Συμμαχίας στο Λάιμπαχ (Μάιος 1821), η Ελληνική Επανάσταση καταδικάστηκε κι ο Καποδίστριας, ηττημένος, υποχρεώθηκε να εγκαταλείψει το αξίωμά του, να αποσυρθεί από την ενεργό υπηρεσία.
Το καλοκαίρι του 1822 εγκαταστάθηκε στη Γενεύη της Ελβετίας, όπου ιδιώτευσε για μια ολόκληρη πενταετία. Οι Ελβετοί τον εκτίμησαν για την προσφορά του στη δημιουργία της Ελβετικής Ομοσπονδίας, λαμβάνοντας τον τίτλο του επίτιμου πολίτη. Παρέμεινε εκεί έως το 1827, χωρίς να διακόψει στο διάστημα αυτό τις προσπάθειές του για να εξασφαλίσει τη συμπαράσταση κυβερνήσεων και προσωπικοτήτων υπέρ του εθνικοαπελευθερωτικού αγώνα των Ελλήνων. Στην προσπάθειά του αυτή είχε στενό συνεργάτη τον Ελβετό τραπεζίτη και φιλέλληνα Ζαν Εϊνάρ. Στο διάστημα αυτής της πενταετίας, προτού χριστεί κυβερνήτης της Ελλάδας, μεσολάβησαν γεγονότα που ευνόησαν την Ελληνική Επανάσταση. Η εξωτερική
πολιτική της Αγγλίας άλλαξε μετά την επικράτηση του Τζορτζ Κάνινγκ (1822), ενώ στο ρωσικό θρόνο ανέβηκε ο Νικόλαος Α' (1825). Στις 4 Απριλίου 1826 η Ρωσία και η Αγγλία υπέγραψαν στην Αγία Πετρούπολη ιδιαίτερο πρωτόκολλο, με το οποίο αναγνώριζαν την ίδρυση ελληνικού κράτους υπό την επικυριαρχία του Σουλτάνου. Στην πραγματικότητα, δημιουργήθηκε έτσι ένας αγγλορωσικός συνασπισμός κατά του Σουλτάνου Μαχμούτ Β', στον οποίο προσχώρησε λίγο αργότερα και η Γαλλία. Οι τρεις σύμμαχοι υπέγραψαν τη συνθήκη του Λονδίνου (Ιούλιος 1827) με την οποίαν ζητούσαν τον τερματισμό των ελληνοτουρκικών εχθροπραξιών και την αναγνώριση από τον Σουλτάνο της ύπαρξης του ελληνικού κράτους.Με αυτές τις ευνοϊκές συνθήκες, η Εθνοσυνέλευση της Τροιζήνας αποφάσισε στις 3 Απριλίου του 1827 να ονομάσει τον κόμη Καποδίστρια κυβερνήτη του νεοσύστατου Ελληνικού Κράτους, σε μία περίοδο που η Επανάσταση καρκινοβατούσε. Μετά από επίπονες διαβουλεύσεις στις ευρωπαϊκές πρωτεύουσες για την εξασφάλιση της απαραίτητης υποστήριξης για το ελληνικό κράτος, έφτασε στο Ναύπλιο στις 7 Ιανουαρίου 1828, λίγο μετά τη ναυμαχία του Ναυαρίνου (Οκτώβριος 1827) και μερικούς μήνες πριν τον Ρωσοτουρκικό πόλεμο (Μάιος 1828-Ιούλιος 1829), όπου και έγινε δεκτός με ζητωκραυγές και ενθουσιώδεις εκδηλώσεις από το λαό. Δύο ημέρες αργότερα πήγε στην Αίγινα, που είχε κριθεί πιο κατάλληλη από το Ναύπλιο ως προσωρινή έδρα της Κυβέρνησης. Όμως, για δύο ολόκληρα χρόνια, μέχρι την υπογραφή του πρωτοκόλλου του Λονδίνου (1830), ήταν κυβερνήτης ενός κράτους που δεν είχε διεθνή αναγνώριση.
Η πρώτη επαφή του με την ηπειρωτική Ελλάδα υπήρξε αποκαρδιωτική, λόγω της κατάστασης που επικρατούσε στο πολιτικό σκηνικό. Οι αντιπαλότητες που είχαν προκύψει μεταξύ των φατριών στη διάρκεια της επανάστασης δεν είχαν κοπάσει, ενώ η χώρα είχε καταστραφεί και η οικονομία της τελούσε υπό πτώχευση.
Η διακυβέρνηση του Καποδίστρια ήταν σύντομη. Προσπάθησε να κυβερνήσει τη μικρή και ταλαιπωρημένη από τον μακροχρόνιο αγώνα χώρα με βάση το Δημοκρατικό Σύνταγμα της Τροιζήνας, αλλά ως οπαδός της «πεφωτισμένης δεσποτείας» πίστευε ότι τα Συντάγματα και τα Κοινοβουλευτικά Σώματα ήσαν πρόωρα για το ασύστατο ακόμα κράτος. Πρέσβευε εις την αρχή του ενός ανδρός, έστω και υπό προθεσμία. Στις 18 Ιανουαρίου 1828 πέτυχε ψήφισμα της Βουλής περί αναστολής του Συντάγματος. Έτσι, κατέστη η μοναδική πηγή εξουσίας, συνεπικουρούμενος από το Πανελλήνιο, ένα συμβουλευτικό σώμα αποτελούμενο από 27 μέλη. Η ψήφιση του νέου Συντάγματος παραπεμπόταν στη σύγκληση μιας νέας Εθνοσυνέλευσης στο άμεσο μέλλον. Ο Καποδίστριας εγκαινίασε την περίοδο της απολυταρχίας, που διατηρήθηκε μέχρι το Σύνταγμα του 1843.
Αποτέλεσμα ήταν να έρθει σε αντίθεση τόσο με το ίδιο το σύνταγμα της Εθνοσυνέλευσης της Τροιζήνας όσο και με το φιλελεύθερο πνεύμα των αγωνιστών του 1821. Από την άλλη, οι προσπάθειές του για τον εκσυγχρονισμό της Ελλάδας τον έφερναν σε σύγκρουση με τους συντηρητικούς προεστούς και γαιοκτήμονες, ενώ η συμπάθειά του προς τη Ρωσία τον κατέστησε ανεπιθύμητο στους Άγγλους και στους Γάλλους. Ο Καποδίστριας είχε ανάγκη από τη συμπαράσταση του λαού για να κυβερνήσει τον τόπο ως «φωτισμένος» δεσπότης. Όμως, η κατηγορηματική του άρνηση να μοιράσει τη γη στους ακτήμονες αγρότες (στα 3/5 του πληθυσμού της ελεύθερης Ελλάδας) του στερούσε τη λαϊκή υποστήριξη και τον άφηνε απροστάτευτο στις επιθέσεις των αντιπάλων του.
Ο νέος Κυβερνήτης έθεσε ως στόχο να βάλει τέλος στις εμφύλιες διαμάχες και επιδόθηκε αμέσως στο έργο της δημιουργίας Κράτους εκ του μηδενός, δείχνοντας αξιοζήλευτη δραστηριότητα. Ίδρυσε την Εθνική Χρηματιστηριακή Τράπεζα με τη βοήθεια του φίλου του Ελβετού τραπεζίτη Εϋνάρδου, η οποία δεν ευδοκίμησε για πολύ. Ρύθμισε το νομισματικό σύστημα, καθότι ακόμη κυκλοφορούσαν τουρκικά και ξένα νομίσματα μέσα στην επικράτεια. Στις 28 Ιουλίου 1828 καθιέρωσε ως εθνική νομισματική μονάδα τον Φοίνικα και ίδρυσε Εθνικό Νομισματοκοπείο. Στις 24 Σεπτεμβρίου του ίδιου χρόνου οργάνωσε και την πρώτη ταχυδρομική υπηρεσία.
Όταν ήρθε στο Ναύπλιο, ο Καποδίστριας βρήκε την Ελλάδα χωρίς δικαστική οργάνωση. Γνωρίζοντας ότι η απονομή της δικαιοσύνης αποτελεί θεμέλιο για τη δημιουργία μιας ευνομούμενης πολιτείας, ενδιαφέρθηκε προσωπικά για τη δημιουργία δικαστηρίων και τη στελέχωσή τους με το κατάλληλο προσωπικό. Οργάνωσε, ακόμη, τη διοίκηση του κράτους και ίδρυσε Στατιστική Υπηρεσία, η οποία διενήργησε την πρώτη απογραφή.
Αναδιοργάνωσε τις ένοπλες δυνάμεις υπό ενιαία διοίκηση, πετυχαίνοντας αφενός να καταπολεμήσει το κατεστημένο των οπλαρχηγών και αφετέρου να παρεμποδίσει την Οθωμανική προέλαση, όπως έδειξε η Μάχη της Πέτρας, όπου ο ελληνικός στρατός εμφανίσθηκε πειθαρχημένος και συγκροτημένος στην τελευταία μάχη του Αγώνα. Ο Καποδίστριας αντιμετώπισε επιτυχώς την πειρατεία, αναθέτοντας στον ναύαρχο Μιαούλη την καταστολή της. Εφάρμοσε την πρακτική της απομόνωσης (καραντίνας) των κοινοτήτων που πλήττονταν από τις επιδημίες του τύφου, της ελονοσίας και άλλων μολυσματικών ασθενειών. Προσπάθησε να ανοικοδομήσει το κατεστραμμένο εκπαιδευτικό σύστημα της Ελλάδας, ιδρύοντας πολλά σχολεία, καθώς και το Ορφανοτροφείο της Αίγινας.
Ο Καποδίστριας ενδιαφέρθηκε αποφασιστικά για τη γεωργία, που αποτελούσε τον ακρογωνιαίο λίθο της ελληνικής οικονομίας. Εισήγαγε πρώτος την καλλιέργεια της πατάτας, με ένα τρόπο που έδειχνε τη βαθειά του γνώση για τον ψυχισμό του Έλληνα εκείνης της εποχής. Διέταξε, λοιπόν, να αποθέσουν ένα φορτίο με πατάτες στο λιμάνι του Ναυπλίου και προέτρεψε τον καθένα να πάρει όσες θέλει. Συνάντησε, όμως, την παγερή αδιαφορία των πρωτευουσιάνων. Στη συνέχεια τοποθέτησε φρουρούς στο φορτίο και αμέσως σχεδόν στο Ναύπλιο κυκλοφόρησαν ψίθυροι ότι για να φυλάσσεται το φορτίο κάτι το πολύτιμο θα περιέχει. Οι άνθρωποι μαζεύτηκαν στο λιμάνι και λοξοκοίταζαν τις πατάτες. Άρχισαν σιγά-σιγά να τις κλέβουν κάτω από τη μύτη των φρουρών και στο τέλος έκαναν όλες φτερά. Δεν γνώριζαν, όμως, ότι ο Καποδίστριας είχε διατάξει τους φρουρούς να κάνουν τα στραβά μάτια. Με αυτή την ευφυή κίνηση, η πατάτα έγινε τότε μέρος της καθημερινής διατροφής του Έλληνα.
Οι πολιτικές κινήσεις του Καποδίστρια προκάλεσαν τη δυσαρέσκεια, τόσο των οπαδών του συνταγματικού πολιτεύματος, όσο και των προκρίτων και των ναυτικών. Η αίγλη που τον περιέβαλε άρχισε να διαλύεται. Η αδυναμία να ικανοποιήσει όλα τα αιτήματα, σε συνδυασμό με την καθυστέρηση διεξαγωγής των εκλογών, έδωσαν την αφορμή για το σχηματισμό ισχυρής αντιπολίτευσης κατά του Κυβερνήτη. Ο Καποδίστριας κατηγορήθηκε ακόμη ότι αγνόησε τη μακρά κοινοτική παράδοση της χώρας και θέλησε να μεταφυτεύσει από το εξωτερικό θεσμούς, που δεν ταίριαζαν στην τότε πραγματικότητα.
Η πρώτη δυναμική αντιπολιτευτική ενέργεια ήλθε με τα στασιαστικά κινήματα της Ύδρας το 1829, που επιδίωκαν την ανατροπή του Καποδίστρια. Ζήτησαν από τον Μιαούλη να καταλάβει τον ναύσταθμο του Πόρου, πριν προλάβει ο διοικητής του Κανάρης να έλθει εναντίον της Ύδρας. Ο Καποδίστριας παρακάλεσε τον ναύαρχο Ρίκορντ να επιτεθεί κατά των στασιαστών. Πράγματι, ο ρώσος ναύαρχος απέκλεισε το ναύσταθμο και μπροστά στον κίνδυνο να συλληφθεί, ο Μιαούλης ανατίναξε τη φρεγάτα «Ελλάς» και την κορβέτα «Ύδρα» (τα δύο πιο αξιόπλοα πλοία του ελληνικού στόλου) και διέφυγε στην Ύδρα. Η αντίδραση κατά του Κυβερνήτη διογκωνόταν. Οι Μανιάτες αρνούνταν να πληρώσουν τους φόρους στην κεντρική εξουσία και στασίασαν με τη σειρά τους.
Μοιραία στάθηκε η αντιπαλότητα του Καποδίστρια με τους Μαυρομιχάληδες, την ισχυρότερη οικογένεια της Μάνης. Ο Καποδίστριας με το χρόνο γινόταν όλο και πιο ευερέθιστος και δύσπιστος έναντι όλων. Δεν είχε την απαραίτητη αυτοσυγκράτηση και ψυχραιμία, με συνέπεια την αδικαιολόγητη όξυνση των προσωπικών παθών. Σε αυτή την κατάσταση θα πρέπει να αποδοθεί και ο σκληρός τρόπος συμπεριφοράς του κατά του γηραιού Πετρόμπεη Μαυρομιχάλη. Ο Καποδίστριας διέταξε τη σύλληψή του και τον εγκλεισμό του στη φυλακή. Τον αδελφό του Κωνσταντίνο και το γιο του Γεώργιο τους κρατούσε στο Ναύπλιο, όπου είχε μεταφερθεί η πρωτεύουσα του νεοελληνικού κράτους. Το γεγονός αυτό εξέθρεψε το μίσος και την ανάγκη εκδίκηση από την πλευρά των Μαυρομιχαλαίων.
Το σχέδιό του για την «πεφωτισμένη δεσποτεία» στην Ελλάδα, σύμφωνα με τα ευρωπαϊκά πρότυπα, χρεοκόπησε και ο ίδιος βρήκε σκληρό και άδικο τέλος. Στις 5:35 το πρωί της 27ης Σεπτεμβρίου 1831 ο Καποδίστριας δέχθηκε δολοφονική επίθεση από τον Κωνσταντίνο και τον Γεώργιο Μαυρομιχάλη έξω από την εκκλησία του Αγίου Σπυρίδωνα στο Ναύπλιο, όπου μετέβαινε για να εκκλησιασθεί και έπεσε νεκρός. Ο μόνος που τον συνόδευε ήταν ο μονόχειρας σωματοφύλακάς του, ονόματι Κοκκώνης.Ο Κωνσταντίνος Μαυρομιχάλης φονεύθηκε επί τόπου από τους προστρέξαντες, που κυριολεκτικά τον λυντσάρισαν. Ο Γεώργιος Μαυρομιχάλης ζήτησε προστασία στη Γαλλική Πρεσβεία. Μετά από επίμονη απαίτηση του συγκεντρωμένου πλήθους, που απείλησε ότι θα κάψει την πρεσβεία, ο αντιπρεσβευτής βαρόνος Ρουάν τον παρέδωσε στις αρχές. Ο Γεώργιος Μαυρομιχάλης καταδικάσθηκε σε θάνατο από στρατοδικείο και θανατώθηκε δια τυφεκισμού το πρωί της 10ης Οκτωβρίου 1831.
Στη θέση του δολοφονημένου Ιωάννη Καποδίστρια διορίστηκε για μικρό διάστημα ο αδερφός του Αυγουστίνος. Η χώρα είχε βυθιστεί στο χάος και την αναρχία και οι Προστάτιδες Δυνάμεις βρήκαν την ευκαιρία να εγκαθιδρύσουν βασιλεία, επειδή φοβήθηκαν ότι θα επικρατούσε ένα φιλελεύθερο κίνημα.Η ελληνική πολιτεία τίμησε τον Κυβερνήτη, δίνοντας το όνομά του σε δημόσιους χώρους και ιδρύματα, όπως στο Πανεπιστήμιο Αθηνών, ο επίσημος τίτλος του οποίου είναι Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών. Ο Καποδίστριας απεικονίζεται, ακόμη, στο κέρμα των 20 λεπτών της ελληνικής έκδοσης του ευρώ, ενώ το σχέδιο διοικητικής αναδιοργάνωσης της χώρας που εισηγήθηκε η κυβέρνηση Σημίτη έλαβε το όνομά του («Πρόγραμμα Ι. Καποδίστριας»).
.JPG)
